تهدف الكلية بشكل أساسي إلى الإرتقاء بمواصفات خريجى العلاج الطبيعى لكي يتلاءم مع متطلبات سوق العمل المحلية والإقليمية وذلك لزيادة ثقة المجتمع المحلي في خريجي الكلية في المرحلة الحالية ثم كسب ثقة المجتمع الإقليمي ثم العالمي وذلك من خلال مجموعة من الأهداف الفرعية التي يمكن إيجازها في الآتي:

1.    تطوير البرامج و المقررات الأكاديمية لمواجهة متطلبات سوق العمل المحلي والإقليمي والدولي.

2.    تبني برامج و مقررات تعليمية تهتم بالجانب المهاري للطالب لإعداده لسوق العمل.

3.    تنمية التعلم الذاتي لدي الطلاب والعمل في مجموعات.

4. إستثمار تكنولوجيا المعلومات لميكنة نظم الكلية إلكترونياً من أجل التميز في التعليم والبحوث والإرشاد.

5. تطبيق برامج توكيد الجودة، لتحسين معدل الأداء في التعليم والبحث العلمي، وخدمة المجتمع للوصول إلي إعتماد الكلية وإعتماد برامجها التعليمية.

6. تطوير إستراتيجية البحث العلمي، لتلبية احتياجات المستخدم النهائي والمجتمع.

7. تقديم الاستشارات في المجالات العلمية المختلفة للمجتمع.

8. تشجيع اتفاقيات التعاون المحلي والدولي من أجل تطوير نظم التعليم والبحوث العلمية.

9. تشجيع التعاون بين الفرق البحثية للإستفادة من الإمكانيات والموارد علي مستوى الكلية والجامعة.

10. تنمية قدرات الطلاب التعليمية بتفعيل الإستراتيجيات الحديثة فى التعليم والتعلم وتشجيعهم على التعليم والتدريب المستمر لتخريج كوادر متميزة فى التخصصات المختلفة.

11. صياغة شراكة فاعلة مع أطراف المنظومة الصحية من خلال تقديم إستشارات لهيئات محلية وإقليمية بواسطة العناصر المتميزة من أعضاء الهيئه التدريسية.