يشمل القسم على ثلاثة فروع وهى فرع أمراض النبات وفرع الميكروبيولوجيا الزراعية وفرع النبات الزراعى ويوجد بالقسم شعبة أمراض النبات تمنح درجة البكالوريوس فى تخصص أمراض النبات ويقوم القسم بتدريس العديد من المقررات الدراسية وينظم دروات تدريبية متخصصة فى العديد من المجالات.