يهدف المركز إلى تقويم الأداء الأكاديمي والإداري والمجتمعي لتطوير العملية التعليمية والبحثية وخدمة المجتمع وتنمية البينة وذلك من خلال :

1.      تعزيز القدرة التنافسية للمركز وأثر ذلك من الناحية التطبيقية وذلك من خلال وجود عزلات للكائنات الدقيقة النباتية المتنوعة من فطريات وبكتيريا وفيروس وفيتوبلازما وغيرها من الميكروبات النافعة التي تستخدم في المقاومة البيولوجية والتي تستخدم في الانتاج الصناعي.

2.      رفع القدرة المؤسسية للمركز من بنية أساسية.

3.      التطوير الذاتي والتنمية المستدامة للموارد.

4.      زيادة القدرة التنافسية للخريجين والباحثين علمياً وبحثياً ومهنياً وتعظيم المشاركة الطلابية في مجالات التطوير المستمر للمؤسسات التعليمية.

5.      تقوية وتفعيل العلاقة بين المركز ومنظمات المجتمع المدني والهيئات القومية والإقليمية والدولية لتطوير البحث العلمي، والنظم الأكاديمية والإدارية والخدمية .

6.      تطوير الهيكل التنظيمي للمركز من خلال استقطاب مزيد من الكفاءات في التخصصات ذات العلاقة بأنشطة المركز من الكليات الأخرى