يهدف قسم البساتين بتوجهاته الثلاثة إلى تحقيق الأهداف التالية:

1.      دراسة واستخدام التكنولوجيا الحديثة في إنتاج المحاصيل البستانية لتغطية الاستهلاك المحلي والمساهمة في الاحتياجات التصديرية.

2.      زراعة وإنتاج المحاصيل البستانية التقليدية وغير التقليدية.

3.      التربية لإنتاج أصناف جديدة متفوقة كماً ونوعاً سواء أكان ذلك عن طريق التربية بالطرق التقليدية أو باستعمال التكنولوجيا الحيوية أو إدخال أصناف جديدة أو محاصيل جديدة وأقلمتها أو تهجينها لتناسب الظروف المصرية وبالتالي التقليل من فاتورة استيراد التقاوي من الخارج.

4.      تخريج الكوادر العلمية المؤهلة التي تلبى متطلبات وحاجات سوق العمل المصري والإقليمي والدولي من العمالة الفنية المدربة التي لها القدرة على المنافسة في المجال البستاني وذلك بتوفير المناخ المناسب لإتمام العملية التعليمية بصورة متطورة تتماشى مع النظم التعليمية للجامعات الدولية لمواكبة المستجدات العلمية.

5.      الاسهام العلمي والبحثي الفعال في حل المشكلات الزراعية في المجتمع المحلى في ضوء الحفاظ على البيئة والزراعة المستدامة.

6.      التطوير المستمر لكافة العمليات التعليمية وخاصة تطوير المقررات الدراسية المتعلقة بالفاكهة والخضر والزينة لتواكب الاتجاهات العلمية الحديثة.

7.      تدريب الطلاب على الطرق والوسائل المختلفة لتحسين إنتاجية وجودة الحاصلات وتداولها وتخزينها حتى تصل الى المستهلك.

8.      التطوير المستمر الخطة البحثية بالقسم بما يتناسب مع التطورات العلمية العالمية.

9.   وضع آليات لتنمية الموارد الذاتية للقسم والكلية وتحقيق التمويل الذاتي للبحث العلمي ومشاريع التخرج للطلاب.