تنبع اهداف القسم من الاهداف الاستراتيجية للكلية وتتلخص فى الاتى:
· امداد الطالب بالاخلاقيات والقيم المهنية بالاضافة الى المعرفة والمهارات العلمية التى تؤهله للعمل فى مختلف المجالات الصيدلية, كما يساهم القسم مع باقى اقسام الكلية فى اعداد طالب قادر على خدمة المجتمع المحلى والإقليمى.
· تطوير المقررات الدراسية لمواكبة الاتجاهات الحديثة فى كافة المجالات الصيدلية ، وكذلك مواكبة الاساليب الحديثة فى التعلم مثل التعلم الذاتى.
· خلق اجواء تساعد الباحثين على الابداع والانتاج البحثى من خلال متابعة الدوريات العلمية الحديثة والمشاركة فى المؤتمرات العلمية المحلية والعالمية وعقد حلقات نقاشية دورية وكذلك تشجيع الباحثين على النشر العلمى العالمى.
· رفع كفاءة أعضاء هيئة التدريس ومعاونيهم بالقسم.