تأسست وحدة ضمان الجودة بقرار من السيد رئيس الجامعة في العام الأكاديمي 2014/2015 ومنذ ذلك الحين عملت وحدة ضمان الجودة على القيام بنشر ثقافة الجودة ومتابعة تطبيق المعايير المعتمدة من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد من خلال التدريب وعمل المراجعات الداخلية اللازمة مما أهل الكلية للحصول على العديد من المشروعات التعليمية والبحثية والتي ساهمت في النهاية في حصول الكلية على الاعتماد المؤسسي من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد لتصبح كلية الصيدلة اول كلية حكومية تحصل على الاعتماد بعد تخرج الدفعة الأولى منها وتعمل وحدة ضمان الجودة على استمرار عمليات التطوير والتحديث لمواكبة المستجدات في مجال الصيدلة ودعم العمليات المؤسسية لضمان تحقيق الكلية رؤيتها ورسالتها.