يتم إجراءالأنشطة البحثية التطبيقية فى المعهد من خلال ثلاث محاور آساسيه هى:
أولا : مجموعات بحثية رئيسية: تتكون من الباحثين العاملين بالمعهد ومساعديهم وطلاب الدراسات العليا بالوحدات البحثية بالمعهد.
ثانيا : التعاون البحثي مع باحثين من الكليات المختلفة داخل جامعة كفر الشيخ أو بالجامعات المصرية.
ثالثا : التعاون البحثي الدولي مع باحثين من معاهد دولية خارج مصر.